Septembre 2011, Paris. Cinq jeunes candidats à la prêtrise sont sur le point de changer radicalement de vie. En entrant au Séminaire des Capucins, ils vont apprendre à suivre la voie de Dieu et devenir ses ministres.

José, Guillaume et Yann s'apprêtent à assumer le sacerdoce. Mais leurs affectations leur réservent des déceptions. Mgr Poileaux quitte Paris et retrouve sa paroisse à Limoges. C'est sans compter avec l'arrivée inopinée du père Fromenger.

Yann tente d'alerter son évêque sur un terrible secret. Guillaume doit supporter la pénitence que son supérieur lui impose. José, en fauteuil roulant, prépare son ordination à Toulouse, et vit mal sa dépendance vis-à-vis de ses futurs paroissiens.

Guillaume s'est vu confier une mission humiliante, qui va se révéler bouleversante. Yann, brutalement sanctionné par son évêque, s'apprête à quitter sa paroisse. José fait la connaissance de Tom, un jeune délinquant dont la révolte l'émeut.

Yann doit faire face à la défiance de la mairie qui, suite au récent drame, ne veut plus prêter ses locaux à la paroisse. L'arrivée de Tom auprès de José ne se fait pas sans conflits. Guillaume apprend que l'église dont il s'occupe va être détruite.

Un conflit éclate entre Yann et ses paroissiens lorsqu'ils apprennent que l'un des leurs a été entendu par la police dans l'affaire Valliers. José cherche à imposer Tom de force à Jeanne et au conseil paroissial.

Yann est venu chercher refuge chez José qui trouve enfin le moyen de donner une chance à Tom de s'intégrer dans sa communauté. Guillaume, profitant de ce que son supérieur est souffrant, se voit enfin confier la conduite d'une messe.

Mis à l'amende par le père Chalumeau, Guillaume demande le soutien de ses amis pour préparer sa convocation chez l'évêque de son diocèse. José prend la défense de Tom, confronté à une lourde accusation de la part des paroissiens.

Tandis que Guillaume prépare une dernière messe avant la destruction de l'église, Yann doit prendre une décision concernant son avenir à Plugneaux. Désormais sans attache, le père Bosco vient au secours d'Antonietta, en pleine rechute.